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默认 200；试跑建议 200~500。

自适应会在运行时按候选池唯一数量计算每轮采样数和轮数。

每轮进入 SFCT 的候选数，默认 200；试跑建议 100~200。

默认 3（试跑）；生产起步建议 9。每轮：采样 → SFCT → 更新训练集 → 训练打分模型。

默认 1；常用 0.5~2。κ 越大越探索，越小越利用。

开启后仅在候选池内预测选点，速度更快；关闭后按全库预测。

只决定 UCB active pool 初始化来源，不会切成普通随机采样。自动模式在 200 万以内优先走 Collector，超大库回退随机；UCB 轮内默认不截断，手填 TopM 才截断。

留空按库规模自动分档；上传 CSV 或选择预置库后显示预计 P。手填后覆盖自动值。

仅在关闭候选池时生效。默认 200；建议约为每轮采样数的 2 倍。

Lipinski 规则违规次数上限，默认 ≤1。

建议 ≤500 Da，口服吸收更友好。

推荐 −2 至 5，平衡溶解度与透膜性。

推荐 ≤140 Ų，过高会影响透膜。

推荐 ≥0.3，越高越接近已上市药物。

开启后生效；默认 6，数值越低越严格。

用于补充药代/安全性指标，结果会写入输出表格。

推荐 ≥6（IC50 ≈ 1 µM）。

与 DTA20 同时启用时，两者都需要达标。

对 Boltz‑2 complex 做结构准备与稳定性复核，输出 prepared complex/protein/ligand 与 `poseprep_*` 标记。

默认仅对 Boltz‑2 输出前 N 个结构执行准备与复核；未检查候选不会被标记为失败。

`auto` 按任务可见 GPU 自动分片；也可填正整数限流。

`prepare` 生成 cleaned/prepared 结构；`stability` 在准备基础上预留短 MD stability check 参数。

用于 PosePrep 结构准备阶段的受限最小化配置；失败只影响 `poseprep_review_flag` 与后续回退策略。

仅 `stability` 模式使用；默认 0 ps，不保留长轨迹。

主链位置约束强度配置，避免把 pocket 当作 MD 重塑目标。

配体周围允许侧链柔性的半径；同一个 RBFE network 内仍应尽量保持同一 receptor state。

默认不进入下载包；stability 短 MD 会保存逐帧 PDB，prepare 模式仅保存最终结构副本。

对 Boltz‑2 或 PosePrep prepared complex 执行独立 MD 诊断，输出 `md_*` 列，不参与主排序。

默认只对 Top 1 候选跑 MD，避免轨迹计算占用过多资源。

`auto` 会优先复用 PosePrep prepared complex，缺失时回退 Boltz‑2 原始 complex。

当前为受限 OpenMM MVP；水盒、PBC、NPT 与长生产模拟后续单独扩展。

`auto` 按任务可见 GPU 自动分片；也可填正整数限流。

默认只保留最终结构和诊断；完整轨迹体积较大，需显式开启。

当前在本地计算节点上运行 FairChem UMA 模型，对 Boltz‑2 结构生成快速复核信号，并为最终输出补充 `review_*` 假阳性标记字段。

默认仅对 Boltz‑2 输出前 N 个结构生成 FairChem 复核信号；这些信号会参与 pocket 内假阳性标记，但不改变主排序。

按配体周围距离截取局部位点残基，默认 6.0 Å。

每个候选最多纳入多少个关键残基进入 FairChem 局部 cluster。

开启后会把配体附近的 `HOH/WAT/H2O` 一并纳入 FairChem 局部 cluster，用于显式水辅助复核；若上游结构里没有水，则可能无效果。

仅在保留显式水时生效；`关键水优先` 会优先保留同时靠近 ligand 与 pocket 主体的桥连水，剩余配额再回退到最近水。

仅在保留邻近显式水时生效；默认最多追加 2 个最近水分子，避免局部体系过大。

控制被截断蛋白主链边界的封端方式。`ACE/NME 风格` 会构建更完整的伪端基，比单纯补氢更严格，但局部体系也会更大。

会先对 FairChem 局部 cluster 做一轮受限优化。当前会冻结 pocket 主体原子，仅放开 ligand、water 与 cap 原子，再用优化后的几何做 FairChem 复核。

仅在开启 FairChem 受限局部优化时生效；当前默认 16 步。

`pyscf_local` 默认使用 PySCF DFT（`wB97X/def2-SVP` + density fitting）做稳定复核；`qiskit_local_vqe` 为本地 statevector VQE 实验模式，仅适合很小 active space。当前默认只生成复核信号，不改变最终排序。

控制被截断蛋白主链边界的封端方式。`ACE/NME 风格` 会构建更完整的伪端基，比单纯补氢更严格，但局部体系也会更大。

仅对 `pyscf_local` 生效；默认关闭。若需要开启隐式溶剂复核，当前推荐使用 `ddCOSMO（水）`，`PCM（水)` 作为备选。

对 `pyscf_local` 与 `qiskit_local_vqe` 生效；开启后会用带 ghost basis 的 monomer 单点做 Counterpoise 校正，默认按校正后的局部相互作用能生成复核排序，耗时会明显增加。

对 `pyscf_local` 与 `qiskit_local_vqe` 生效；会对结合构象中的孤立 ligand 做自由态几何优化，并额外输出配体变形能 `ligand strain` 作为单独复核信号。默认不影响当前局部能量复核排序，耗时会继续增加。

仅对 `pyscf_local` 生效；会先对封端后的局部 cluster 做一轮约束优化。当前会冻结 pocket 主体原子，仅放开 ligand 与 boundary cap 原子，再用优化后的几何做后续局部单点。

仅在开启受限局部优化时生效；对应 `quantum.local_opt_max_steps`，当前默认 12 步。

默认仅对 Boltz‑2 输出前 N 个结构生成局部相互作用能复核信号。

按配体周围距离截取局部位点残基，默认 6.0 Å。

每个候选最多纳入多少个关键残基进入局部量化学计算。

仅用于 pocket 内 `review_flag` 生成；同一 pocket 候选数低于该值时，不自动标红。

同一 pocket 内，局部相互作用能与 ligand strain 同时落入最差该百分位时，标记为 `review_fail`。若未开启 ligand strain，则该档位不会自动生成。

同一 pocket 内，任一可用单项落入最差该百分位时，标记为 `review_warn`。若未开启 ligand strain，则退化为仅基于局部相互作用能的 warning。建议不大于 `review_fail`。

当前固定使用 OpenFE CLI。

从当前命中列表取前 N 个候选作为 FEP 最大候选范围；按 pocket 分组后，每个可运行组内会按 OpenFE planner 产出的 ligand network 运行。若 network 边数不足，结果可能只有 `ddG` 而没有每个 ligand 的 `dG`。

对应 OpenFE --n-protocol-repeats，至少 2 次以满足 ligand-level dG 汇总。

直接写 OpenFE 协议长度，当前支持 ps/ns，例如 1ns。

直接写 OpenFE 协议长度，当前支持 ps/ns，例如 5ns。

控制进入 FEP 前如何根据 pocket 内假阳性复核标记过滤候选。默认仅跳过 `review_fail`，`review_warn` 仅作提示；若未开启 ligand strain，则通常只会生成 `review_warn`。

开启后会保留所有连通 component 的 FEP 结果，并为每个 component 选择 1 个 ligand 运行 ABFE 作为跨 component 对齐锚点。

按 canonical pocket label 拆分 FEP；不同 pocket 的 RBFE 结果不直接互相比较。

小于该数量的 pocket 组会跳过 FEP，并在结果表中保留跳过原因。

在正式 OpenFE quickrun 前，对 RBFE edge 的 complex leg 做便宜 sanity check；默认只记录风险，不改变 FEP 行为。

`warn_only` 继续正式 FEP 并在 manifest/fep_pool.csv 记录风险；`skip_edge` 只运行通过 QC 的 edge。

用于前置 sanity check 的短 OpenFE 协议长度，支持 ps/ns。

对 FEP TopK 额外运行局部 Quantum 审计，输出 quantum_fep_audit_* 解释列，不改变最终排序。

从 fep/fep_pool.csv 按 FEP rank 选择前 K 个做 Quantum 解释。

用于评估可合成性并回写打分指标。

开启后按下方规则过滤；阈值留空不限制。

solved=找到路线。默认勾选；取消后不强制 solved，但需至少填一项阈值。

留空不限制。

0-1，留空不限制。

在库前体数 ≥ N，留空不限制。